ในการประท้วงธงหมีของปี 1846 ซึ่งเกิดขึ้นในช่วงสงครามเม็กซิกัน - อเมริกันกลุ่มชาวอเมริกันที่เข้ามาตั้งถิ่นฐานในเขตปกครองของแคลิฟอร์เนียเม็กซิกัน - เม็กซิโกประกาศเอกราชและยกธงหมีดั้งเดิม (14 มิถุนายน 2389) เดือนต่อมากองทัพเรืออเมริกันเข้ายึดพื้นที่และธงของสาธารณรัฐแคลิฟอร์เนียอายุสั้นถูกแทนที่ด้วยดวงดาวและลายเส้น
ความทรงจำของหมีธงได้รับการเก็บรักษาไว้แม้ว่าตัวอย่างดั้งเดิมจะสูญหายหรือถูกทำลายและในปี 1911 สภานิติบัญญัติแห่งรัฐแคลิฟอร์เนียได้รับการยอมรับว่าเป็นธงประจำชาติอย่างเป็นทางการ หมีกริซลี่แคลิฟอร์เนียที่แสดงให้เห็นว่าเป็นสัญลักษณ์สำคัญของธงตอนนี้สูญพันธุ์ ธงแคลิฟอร์เนียเช่นเดียวกับในฮาวายและเท็กซัสนั้นเป็นสิ่งที่ผิดปกติเนื่องจากมีการออกแบบที่ใช้โดยประเทศที่เคยเป็นอิสระมาก่อน
